Die Bruderschaft der Mutanten ist eine Organisation, die von Magneto gegründet wurde. Sie ist der Auffassung, dass Mutanten sich nicht von normalen Menschen unterwerfen lassen sollten und dass sie höhere Lebewesen sind. Ihre Feinde sind die X-Men, das Militär und Menschen ohne Mutationen.

Angestachelt durch das Abkommen fühlt sich die Bruderschaft um Magneto darin bestätigt, dass die Menschheit Mutanten verfolgen und ausrotten möchte, eine Art globaler Holocaust, den es mit allen Mitteln zu verhindern gilt. Ihr Kampf gegen die Regierungen der Menschheit gewinnt entsprechend an Nachdruck - und damit auch der Kampf gegen die X-Men.

Die Bruderschaft, angeführt von Erik Lehnsherr, formen sich auf Plum Island neu, nachdem sie die Mitglieder der Mutanten Underground aufgenommen, aber gleichzeitig auch Verluste einstecken mussten. Vor kurzer Zeit haben sie einige Koordinaten der Forschungslabore und Einrichtungen aufdecken können, wo an Mutanten herumexperimentiert wird. Bisher ist der Bruderschaft noch unklar, um welche Experimente es sich dort handelt. Dennoch ist die Bruderschaft fest entschlossen gegen die Labore und Einrichtungen vorzugehen, sehr zum Missfallen der Regierung, die plant gegen die Bruderschaft aktiv vorzugehen. Plum Island ist für die Regierung nicht am Ende der Welt. Wie lange kann die Bruderschaft Plum Island noch als sicheren Ort ansehen?